2009年研究生教育将推行收费改革，山东大学在不改变研究生收费模式的基础上，提高研究生“助研”奖学金的额度，并设立 30余种优秀奖学金和项目奖学金。
据了解，山东大学研究生培养机制改革自2008年起已开始实行，但此项改革不涉及学生录取类别及收费政策的变动。录取为计划内（非定向、定向）的研究生享受学校A类学业奖学金，录取为山东省政府委托培养的研究生享受 B类学业奖学金，A类、B类学业奖学金获得者均免收学费。根据这一政策，山东大学2008 年录取的硕士研究生除MBA 等专业学位外，超过 90%的不用交纳学费，博士生除单位委培外 100% 不用交纳学费。据悉，2009年山东大学研究生不交纳学费的比例还将会比2008年有所增加。
在奖学金设置方面，山东大学大量增加了研究生奖学金的种类与额度。 除定向培养、 单位委培外的所有研究生均享受“助研” 奖学金，其中硕士生每月不少于 300元，博士生每月不少于800元。学校还设有研究生优秀奖学金和项目奖学金30余种，奖励覆盖面超过 15% ，最高奖励金额 24000元。另外，山东大学每年还提供约 1500人次的研究生“助教”、“助管”岗位，每个岗位提供每月 200元的岗位奖学金。
